Исторический памятник «Городище Пустозерск» существовал на этом месте давно. Можно сказать, что уже тогда, когда старый город стал считаться исчезнувшим и на его месте не осталось почти ничего, кроме нескольких деревянных построек, Пустозерск стал сакральным местом, символом старой жизни. Жители Нарьян-Мара всегда с почтением относились к Пустозерску, хотя приходится признавать, что сохранившийся сруб использовался долгое время в хозяйственном назначении. В 60-е годы на старый город обратили пристальное внимание в отделе культуры — здесь была установлена памятная стелла, затем деревянный монумент, под стать сохранившейся постройке. В 1991 году на территории Пустозерска появился комплексный историко-природный музей. До открытия музея на этом месте под охраной находилась только территория старого города, она составляла около четырёхсот гектаров, но к моменту начала работы музея территория исторического памятника многократно увеличилась и площадь её превышала уже семь тысяч гектаров. Такое необычайное расширение границ связано с тем, что находящиеся рядом места тоже так или иначе являются памятниками истории. Где-то сохранились дореволюционные деревянные дома, а какие-то природные места просто считались заповедными — Городецкое озеро, сопка Сиера. Со времени начала работы музея больше внимания стали уделять старинным постройкам в Нарьян-Маре и его окрестностях, некоторые здания были признаны памятниками архитектуры и взяты под охрану государства. Сейчас в Пустозерске активно развивается туризм, а также проводятся образовательные программы для школьников из Нарьян-Мара, которые приезжают сюда на время каникул и живут в палаточном лагере.
