Две посадочные платформы находятся над набережной на эстакаде. На втором пути часть платформы располагается по дуге. Платформы соединены при помощи лестницы с наземным вестибюлем, находящимся со стороны берегового склона и имеющим два выхода на набережную. От каждой платформы со стороны реки идут мостики к пилонам, которые выполнены из бетона и стекла. В пилонах установлены лестницы, необходимые для посадки и высадки пассажиров. Но на сегодняшний день эти выходы не функционируют. Также здесь расположены две скульптуры «Мир», которая изображает женщину с голубями и «Труд», изображающая фигуру рабочего. Их установили в 1964 году.
Эстакада имеет продолжение в виде арочного моста Метро, который совмещен с автотранспортным мостом. Станция метро и мост Метро являются одним архитектурным ансамблем.
До 1965 года через эту станцию происходила передача вагонов, которые поставлялись для Киевского метрополитена. Вагоны в Киев по железной дороге поступали на станцию «Дарница». После чего при помощи соединительной ветки их доставляли на трамвайную линию, по ней они следовали по мосту Патона через Днепр. Затем перемещали по набережной к самой станции «Днепр».
Под эстакадой был установлен поворотный круг, который рассчитан на один вагон. Вагон, попав на этот круг, поворачивался так, что оказывался точно под станцией и поднимался специальным подъёмником вверх. Со станции вагон отправлялся в тоннель. Таким же образом спускали вагоны в депо для проведения осмотра и ремонта. Само депо находилось в небольшом здании, и рассчитано было на два вагона.
Станция «Днепр» имеет одну из самых длинных платформ в Киевском метрополитене. Обычной длиной для платформ станций Киева является 100 – 104 метра, а на станции «Днепр» дина платформы составляет 124 метра.
Станция начинает принимать пассажиров в 5 часов 40 минут, а закрывается в 24 часа 12 минут.